Le Dr Godoy est un anthropologue culturel qui s'appuie sur les connaissances de la biologie évolutive et de la théorie économique pour formuler des hypothèses sur les effets de l'exposition au marché, de la mondialisation ou de la modernisation sur le bien-être et l'utilisation des ressources naturelles des peuples autochtones. Il collabore avec des anthropologues biologiques et culturels de la Northwestern University, de l'Université de Géorgie et de l'Universitat Autònoma de Barcelona dans une étude appelée Tsimane¿ Amazonian Panel Study (TAPS). L'équipe de recherche réalise des vagues d'enquêtes annuelles au cours desquelles elle mesure un large éventail d'indicateurs socioéconomiques, démographiques, de santé et psychologiques.

Outre la Bolivie et l'étude de la mondialisation, il a réalisé et continue de réaliser des essais contrôlés randomisés d'un large éventail d'interventions auprès d'Amazoniens indigènes en Bolivie.