Kelly Jones est une microéconomiste appliquée et son travail se concentre sur l'évaluation des impacts de diverses politiques et interventions sur l'égalité des sexes et le bien-être. Ses travaux récents comprennent des analyses expérimentales des stratégies d'adaptation des femmes aux risques face aux chocs financiers et des implications pour la santé sexuelle et reproductive des femmes en Afrique subsaharienne. Elle a également analysé l'impact de la politique étrangère américaine sur les résultats de la fécondité des femmes à l'échelle internationale. À la mi-2018, elle a lancé une nouvelle ligne de recherche explorant les implications économiques de l'accès aux services de santé reproductive aux États-Unis.

D'autres travaux en cours comprennent des expériences sur le terrain en Ouganda et au Ghana sur le rôle de la dynamique des sexes dans l'allocation intra-ménage des ressources et des activités productives. En particulier, elle explore les contributions et l'autonomisation des femmes au sein de l'agriculture commerciale à petite échelle.